بابیه زنجان به رهبری ملامحمدعلی زنجانی تجمع کردند، ناصرالدین شاه دایی اش،
امیر اصلان خان مجدالدوله را به حکمرانی زنجان فرستاد تا ملامحمدعلی را هم دستگیر و راهی تهران کند اما کاری پیش نبرد تا آنجا که در پی واقعه ای، در روز جمعه ماه رجب سال 1265 ه.ق پیروان بابیه به زندان شهر حمله کردند. شهر به هیجان آمد. دو ثلث شهر که پیروان ملامحمدعلی بودند مسلح شدند و به ثلث دیگر حمله و شهر را تصرف کردند. زد و خورد میان قشون دولتی و پیروان بابیه، پنج ماه طول کشید.
ملامحمد علی زنجانی و یارانش در قلعه علیمردان خان تجمع کردند و به مقاومت ادامه دادند. ملامحمدعلی، فرخ خان یکی از صاحب منصبان سپاه دولتی را به بهانه صلح به قلعه کشید و او و صد همراهش را با ناجوانمردی کشت.سرانجام ملامحمدعلی در جنگ تیری خورد و بنا به وصیتش با لباس و سلاح دفنش کردند. قشون دولتی پس از فتح قلعه، جسدش را بیرون آوردند و به دُم استری بستند و در شهر گرداندند و پیش حیوانات درنده انداختند. قشون دولتی اسیران و امان خواستگان را کشتند. سه هزار نفر در این واقعه کشته شدند.