از میان برادران آغا محمد خان کسی که بیش از همه به او خدمت کرد جعفر قلی خان قاجار بود که در تمام مدت جنگها و سختی‌ها آغا محمد خان را یاری کرد و حتی یک بار نیز او را از اسارت رهانید. جعفر قلی خان آغا محمد خان را پدر خود می‌دانست و برخلاف سایر برادران آغا محمد خان هرگز با وی مخالفتی نکرده بود و بر علیه وی نشوریده بود.
پس از تاجگذاری آغا محمد خان، شاه نگرانی این را داشت که بعد از مرگش برادرانش از جمله جعفر خان برای ولیعهد او - فتحعلی خان - مشکل بوجود آورند و ایجاد دردسر کنند. بنابراین تصمیم گرفت که برادر صدیق و با اخلاص خود را از بین ببرد. وی مادر خویش را واداشت که جعفرقلی خان را که حکومت اصفهان بدو داده شده بود و راهی آنجا بود، به تهران برگرداند و شبانه او را به قتل رساند.
