محمد باقر برای ادامه تحصیل به نجف رفت و فقه و اصول فقه را در محضر، شیخ حسن کاشف الغطاء و شیخ محمد حسن نجفی صاحب جواهر فراگرفت و از سوی شیخ مرتضی انصاری به درجه اجتهاد نائل آمد.
پس از بازگشت به اصفهان کرسی تدریس و فتوا به وی منحصر گشت و در صدر حوزه علمیه اصفهان قرار داشت. او حدود شرعی و قصاص را اجرا می‌کرد و در مسجد شاه اصفهان نماز جماعت می‌خواند. در دوران زعامتش پناه و حامی مردم مظلوم بود.
