محمد جعفر میرزا عموی ناصرالدوله بود.
محمد جعفر میرزا عموی بهرام فرمانفرماییان بود.
محمدجعفر میرزا عموی عزت الملوک فرمانفرماییان بود.
محمد جعفر فیروز عموی تاج الملوک فرمانفرماییان بود.
محمد جعفر میرزا عموی همدم الملوک فرمانفرماییان بود.
حضرت علیا (همسر مظفرالدین شاه) عمه محمدجعفر میرزا بود.
نجم السلطنه عمه محمد جعفر میرزا بود.