در جریان مشروطه در ایران نیز از ابتدا مخالف جریان مشروطه بود و جانبداری برخی علما از مشروطه در یک سو و مخالفت وی با مشروطه، اوضاع حوزهَ نجف و طلاب و مقلدان وی را در ایران، دچار دودستگی و پریشانی نمود. یزدی نیز اواخر عمر خود را در این جریانهای سیاسی بسیار به سختی سپری کرد. صورت تلگراف‌ها، مکاتبات و استفتائات هر دو گروه مشروطه‌خواه و ضدمشروطه با یزدی، در مجموعه اسناد منتشر شده از دوره قاجار، موجود است. برخی از این اسناد، تهدیداتی را از طرف مشروطه‌خواهان دربردارد.
